[English version below]
Suena el teléfono y al atenderlo:
-¡Hola mamá, ¿qué tal estás?
-Bien, entretenida con los nietos que nos ha dejado tu hermana. Estamos siempre aquí, para apagar fuegos. Pero son una alegría, ya lo sabes, así que encantados.
-Mamá, me van a hacer una PCR, la prueba del coronavirus. Y si me da positivo, ¿qué?
-A ver, hija, explícamelo mejor.
-Pues qué quieres que te diga, que Jorge se puso malo, como con gripe, y le han dicho que es COVID pues le ha dado positiva la prueba PCR y que nos la hagamos sus contactos, y ahí estoy yo.
-¿Te han explicado algo?
-Nada, me han citado mañana. He entrado en Internet pero me parece muy complicado. Y he pensado que a lo mejor tú, aunque estés jubilada, quizá estés al día de esto.
-Pues sí, estoy al día, y es sencillo, hija. ¿Te lo explico?
-¡Pero si te he llamado para eso, mamá! Claro. ¡Cómo eres!
-Bueno, era para estar segura. Te lo explico en cinco minutos. Pídeme aclaración si algo te suena raro, ¿vale?
-Vale, sí, mamá
-Son varios puntos seguidos, si entiendes el primero seguro que entiendes el siguiente, y así sucesivamente:
- La COVID es una enfermedad infecciosa producida por un nuevo virus, un nuevo coronavirus, el SARS-CoV-2.
- Este nuevo coronavirus es un virus respiratorio más, que penetra en el cuerpo por las vías respiratorias y otras mucosas (conjuntiva, por ejemplo) y produce una infección general, aguda al principio y a veces con daños crónicos.
- Se pueden tomar muestras de fosas nasales (o de saliva), por ejemplo, y ver si ya tienes el virus, incluso antes de que te haya afectado. Es lo que llamamos diagnóstico precoz. Es más cómodo tomar la muestra de saliva pero la prueba pierde precisión por lo que no se recomienda como la primera alternativa, salvo dificultades para obtener la muestra nasal.
- La muestra se toma con ciertas condiciones, pero no es difícil, incluso en algunos casos lo puede hacer el propio paciente.
- La muestra se procesa por un método que llamamos PCR, que es un análisis especial en que el material del virus se va copiando, duplicando, hasta que hay una cantidad tal que se puede detectar.
- El proceso por lo general consiste en una serie de 20 a 35 cambios repetidos de temperatura llamados ciclos de amplificación, y en cada ciclo la cantidad del virus se duplica. El proceso es exponencial y. por ejemplo, con 30 ciclos puede haber mil millones de copia a partir de un solo original.
- El virus se compone básicamente de ácido nucleico y, si en la muestra hay este ácido nucleico específico del nuevo coronavirus, con los cambios de temperatura (los ciclos de amplificación) se duplica y se duplica, y se duplica hasta que hay una cantidad suficiente para que da una señal fluorescente que nos dice que tenemos material del SARS-CoV-2 en la muestra. Esta señal fluorescente es el indicador de muestra positiva.
- Lo que dice la prueba positiva, la señal fluorescente, es que en la muestra analizada hay material, ácido nucleico, del nuevo coronavirus, del SARS-CoV-2.
- Es decir, el resultado positivo no dice que esté el virus entero, ni que haya infectado a esa persona, ni que sea contagiosa. La prueba positiva te dice sólo que en la muestra hay ácido nucleico del nuevo coronavirus. Una PCR positiva no equivale a un caso confirmado en el sentido de persona infectada y que contagia. En la mayoría de los casos no se puede cultivar el virus (no está entero y viable) aunque la PCR sea positiva. De hecho sólo se puede cultivar el virus en muestras de pacientes en los primeros 8 días desde el comienzo de los síntomas y el contagio (virus viables) es fundamentalmente justo antes y después del comienzo de los síntomas. [“¿Me entiendes, hija?” “Sí, sí, mamá, te lo resumo”:
- “Si me da positiva la PCR quiere decir que tengo material infeccioso (trozos o el virus entero) en mi nariz pero la prueba sólo “certifica” que hay ácido nucleico del nuevo coronavirus, pero no dice nada de si está entero, ni de si me ha infectado, ni de si soy yo contagiosa”]
- Eso es. Además, la prueba no es o “sí”, o “no” (no es una prueba “dicotómica”, que se dice científicamente). La prueba positiva dice “depende”. Es verdaderamente positiva dependiendo de muchas circunstancias.
- Por ejemplo, la “fuerza” del resultado positivo depende del número de ciclos de amplificación que haya que realizar para que dé la señal fluorescente. Si en la muestra hay muchos material, mucho ácido nucleico del nuevo coronavirus (si la “carga viral” es alta) se necesitarán pocos ciclos, por ejemplo, 20.
- Si en la muestra hubiera poco material viral, se pueden precisar muchos más ciclos de amplificación, por ejemplo 35, y ello hace sospechar que la prueba es positiva, pero con una bajísima probabilidad de llevar “virus vivos” (virus que puedan afectar a la propia persona, o que puedan contagiarse a otras personas). Es una prueba positiva pero “débil”.
- Lamentablemente, los resultados de las pruebas PCR se dan sin señalar el número de ciclos de amplificación. Sabemos si la prueba ha sido positiva o negativa, pero no cuánto “ha costado” lograr la señal fluorescente. Necesitamos ver el resultado como no dicotómico, como variable continua, con un umbral que nos da idea de la «fuerza» del resultado positivo (su capacidad de corresponderse con la posibilidad de cultivo positivo de nuevo coronavirus).
- Para que te hagas una idea, te resumiré un estudio en Gales (Reino Unido), en zona de baja afectación por la pandemia, donde se hicieron las cosas bien y se informó del número de ciclos de amplificación de los resultados de la PCR. En 26 casos positivos, el número de ciclos fue de 35 y más, lo que implicaba escasa “fuerza”, y por ello se repitió la PCR. En los 26 casos la repetición dio resultados negativos, tanto en 9 pacientes con síntomas como en 17 sin síntomas (estos se habían hecho la PCR “por seguridad”, antes de una operación, un transplante, un parto, dar el alta hospitalario, o ser trabajador-residente en un asilo). ¿Te imaginas si no se sabe el número de ciclos y se da por bueno el resultado positivo y se toman las medidas correspondientes como atrasar un transplante?
- En la mayoría de los casos de personas sin síntomas, un resultado positivo de la PCR no significa ni que esté infectada ni que sea contagiosa. Increíblemente no está protocolizado ni se da información sobre el número de ciclos de amplificación; cuesta creerlo pero es lo que hay. Alrededor de la mitad de las PCR positivas son «débiles», y de ellas se estima que sólo el 3% están infectados.
-Jo, mamá, me dejas con la boca abierta. No entiendo porqué se están haciendo la PCR a todo el mundo.
-Sí, el problema es doble, 1/ no dar resultados según ciclos de amplificación y 2/ hacer PCR a todo el mundo. El resultado es mucho más cierto si haces la PCR sólo en quienes haya sospecha de COVID médicamente fundada. Es decir, si hay una probabilidad pre-prueba alta (según el teorema de Bayes). Por ejemplo, en el caso de contactos no todos se contagian igual pues la tasa de ataque secundario va del 0,5% (entre personas de relación próxima) al 50% (entre trabajadores y ancianos en asilos), por lo que habría que seleccionar a esos del 50% (o del 10%, entre convivientes de la misma familia) cuya probabilidad pre-test es muy alta. También sabemos que hay más probabilidades de contagio a los contactos con el “caso índice” justo antes y después de empezar con los síntomas. Etc. Habría que “discriminar y no hacer PCR al tuntún.
-Ya me has liado, mamá. ¿Qué es eso del teorema de Bayes?
-Nada, hija, perdona. Es la estadística aplicada a la disminución de la incertidumbre en la toma de decisiones clínicas, pero eso es para otro día. Lo que te importa es saber que una PCR positiva sólo dice que hay material del nuevo coronavirus en la muestra, pero no dice si está el virus entero, ni si hay infección, ni si hay posibilidad de contagiar. ¿Vale?
-Vale, mamá. Eres un cielo. Pero ¿de dónde puede venir ese ácido nucleico del nuevo coronavirus, o el virus entero?
-De cualquier sitio, de superficies contaminadas, de gotitas flotando en el aire, o incluso restos de haber pasado la enfermedad, que se curó (con o sin síntomas)
-Vale, vale. Y ahora, ¿cómo se lo explico yo a Jorge, a mis amigos y sobre todo a mi médico?
-Pues le pasas esto, y si tienen dudas que lean la bibliografía. Lo mismo te digo. Si el médico quiere un resumen dile que la PCR sin síntomas, como los “contactos”, produce “sobrediagnóstico”; es decir, que el diagnóstico es cierto (hay ácido nucleico del nuevo coronavirus SARS-CoV-2), pero que el pronóstico es incierto y/o de salud, dependiendo del número de ciclos de amplificación. Una PCR positiva, es positiva, pero no dice nada del pronóstico si no sabemos el número de ciclos de amplificación; no sabemos si hay virus en sí, ni si hay infección, ni si hay contagiosidad. Si quieres, de otra fuente, le puedes enseñar esta gráfica, en que se relaciona el número de ciclos con la posibilidad de cultivar el virus a partir de las muestras.
-Vale, vale. Siempre estás con tus “fuentes”.
-Sí, hija, soy una pesada. Pero lee y relee esto y la bibliografía, y ya me dirás. Besos. Y un abrazo de tu padre, que está aquí al lado, gozando mientras me ve cómo sudo tinta china para resumirtelo todo.
-Besos, mamá. Iré a veros la semana que viene…¡si me da negativa la PCR!
-¡Niña, no has entendido nada! Además, la PCR da muchas veces falsos negativos. Te dicen que es negativa la prueba PCR pero en realidad tienes el virus. Hay falsos negativos hasta en el 40% de los casos. Pero eso es otra historia. Adiós.
-Adiós, mamá, y gracias por todo.
Mercedes Pérez-Fernández es especialista en Medicina Interna, médico general jubilada, Equipo CESCA, Madrid, España mpf1945@gmail.com
Juan Gérvas es Doctor en Medicina, médico general jubilado, Equipo CESCA, Madrid, España jjgervas@gmail.com
Mercedes Pérez y Juan Gérvas son miembros de NoGracias.
Bibliografía:
– Are you infectious if you have a positive PCR test result for COVID-19?
https://www.cebm.net/covid-19/infectious-positive-pcr-test-result-covid-19/
-Could mass testing for Covid-19 do more harm than good?
https://www.spectator.co.uk/article/could-mass-testing-for-covid-19-do-more-harm-than-good-
-Interpreting a covid-19 test result (rapid response)
https://www.bmj.com/content/369/bmj.m1808/rr-22
-Coronavirus disease 2019 (COVID-19): Diagnosis.
https://www.uptodate.com/contents/coronavirus-disease-2019-covid-19-diagnosis
-Polymerase chain reaction
https://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction
-Reacción en cadena de la polimerasa
https://es.wikipedia.org/wiki/Reacci%C3%B3n_en_cadena_de_la_polimerasa
-Manejo de paciente asintomático que, tras recuperación clínica de un cuadro de COVID-19 (hace 5 meses) y RT-PCR negativa al alta hospitalaria, presenta una nueva RT-PCR positiva
http://www.murciasalud.es/preevid/23768
– Coronavirus cases are mounting but deaths remain stable. Why?
https://www.spectator.co.uk/article/coronavirus-cases-are-mounting-but-deaths-remain-stable-why-
-It’s a mistake to think all positive Covid tests are the same.
https://www.spectator.co.uk/article/it-s-a-mistake-to-think-all-positive-covid-tests-mean-the-same
-Viral cultures for COVID-19 infectivity assessment. Systematic review.
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.08.04.20167932v3
-Clinical and immunological assessment of asymptomatic SARS-CoV-2 infections
https://www.nature.com/articles/s41591-020-0965-6
-Enfermedad por coronavirus, COVID-19.
– Duration of SARS-CoV-2 Infectivity: When is it Safe to Discontinue Isolation?
https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa1249/5896916
– Correlation between 3790 qPCR positives samples and positive cell cultures including 1941 SARS-CoV-2 isolates
https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa1491/5912603
English version.
“Mom, they are going to do a PCR, the coronavirus test. If I test positive, what?«
Mercedes Pérez-Fernández, Specialist in Internal Medicine, retired general practitioner, CESCA Team, Madrid, Spain mpf1945@gmail.com
Juan Gérvas, Doctor of Medicine, retired general practitioner, CESCA Team, Madrid, Spain jjgervas@gmail.com
Both are members of NoGracias.
The phone rings and when you answer it:
-Hi mom, how are you?
-Well, with the grandchildren that your sister has left us. We are always here to help. But they are a joy, you know, so delighted.
-Mom, I’m going to do a PCR, the coronavirus test. And if I test positive, what?
-Let’s see, darling, tell me better.
-Well, what do you want me to tell you, that Jorge got sick, like with the flu, and they have told him that it is COVID because he has given the PCR test positive and that his contacts do it, and there I am.
– Have they explained something to you?
-Nothing, they booked me tomorrow. I have entered the Internet but it seems very complicated. And I thought that might be you, even if you’re retired, maybe you’re up to date on this.
-Well, yes, I’m up to date, and it’s simple, daughter. I’ll explain?
-But I called you for that, Mom! Clear. What are you like!
-Well, it was to be sure. I’ll explain it to you in five minutes. Ask me for clarification if something sounds weird to you, okay?
-Ok yeah mom.
-There are several points in a row, if you understand the first one, you will surely understand the next, and so on:
- COVID is an infectious disease caused by a new virus, a new coronavirus, SARS-CoV-2.
- This new coronavirus is a respiratory virus, which enters the body through the respiratory tract and other mucous membranes (conjunctiva, for example) and produces a general infection, acute at first and sometimes with chronic damage.
- Samples for diagnostic tests for SARS-CoV-2 can be taken from the upper (nasopharyngeal/oropharyngeal swabs, nasal aspirate, nasal wash or saliva) or lower respiratory tract (sputum or tracheal aspirate or bronchoalveolar lavage). Very often they take samples from your nostrils or saliva, for example, and see if you already have the virus, even before it has affected you. It is what we call early diagnosis. It is more convenient to take the saliva sample, but the test loses precision, so it is not recommended as the first alternative, except for difficulties in obtaining the nasal sample.
- The sample is taken under certain conditions, but it is not difficult, even in some cases it can be done by the own patient.
- The sample is processed by a method we call PCR, which is a special analysis in which the virus material is copied and duplicated, until there is such a quantity that it can be detected. It is a chain reaction in which the original virus material is exponentially amplified.
- The process usually consists of a series of 20 to 35 repeated changes in temperature called amplification cycles, with the amount of virus doubling each cycle. The process is exponential and, for example, after 30 cycles, a single copy can be increased up to 1,000,000,000 (one billion) copies.
- The virus is basically made up of nucleic acid and, if this nucleic acid specific to the new coronavirus is present in the sample, with temperature changes (amplification cycles) it doubles and doubles, and it doubles until there is a certain amount enough so that it gives a fluorescent signal that tells us that we have SARS-CoV-2 material in the sample. This fluorescent signal is the positive sample indicator.
- What the positive test says, the fluorescent signal, is that in the analyzed sample there is material, nucleic acid, from the new coronavirus, from SARS-CoV-2.
- That is, the positive result does not say that the whole virus is present, or that it has infected that person, or that it is contagious. The positive test tells you only that the sample contains nucleic acid from the new coronavirus. A positive PCR is not equivalent to a confirmed case in the sense of an infected and contagious person. In most cases, the virus cannot be cultured (it is not whole and viable) even if the PCR is positive. In fact, the virus can only be cultured in patient samples in the first 8 days from the onset of symptoms and contagion (viable virus) is essentially just before and after the onset of symptoms. [«Do you understand me, daughter?» «Yes, yes, mom, I’ll summarize it for you»:
- “If the PCR tests positive, it means that I have infectious material (pieces or the whole virus) in my nose, but the test only “certifies” that there is nucleic acid of the new coronavirus, but it does not say anything about whether it is whole, nor whether it has infected me, or whether I am contagious”]
- That’s it. Also, the test is not either «yes» or «no» (It is not a «dichotomous» test, which is scientifically stated). The positive test says «it depends». It is truly positive depending on many circumstances.
- For example, the “strength” of the positive result depends on the number of amplification cycles that must be performed to produce the fluorescent signal. If there is a lot of material in the sample, a lot of nucleic acid from the new coronavirus (if the “viral load” is high), few cycles will be needed, for example, 20.
- If there is little viral material in the sample, many more amplification cycles may be required, for example 35, and this leads to suspect that the test is positive, but with a very low probability of carrying “live viruses” (viruses that can affect to the person, or that can be spread to other people). It is a positive but «weak» test.
- Unfortunately, PCR test results are given without reporting the number of amplification cycles. We know if the test has been positive or negative, but not how much cycles “it took” to achieve the fluorescent signal. We need to see the result as non-dichotomous, as a continuous variable, with a threshold that gives us an idea of the «strength» of the positive result (its ability to correspond to the possibility of a positive culture of the new coronavirus).
- To give you an idea, I will summarize a study in Wales (United Kingdom), in an area of low impact of the pandemic, where things were done well and the number of amplification cycles of PCR results was reported. In 26 positive cases, the number of cycles was 35 and more, which implied little “strength”, and therefore the PCR was repeated. In the 26 cases, the repetition gave negative results, both in 9 patients with symptoms and in 17 without symptoms who have underwent screening for the following indications: pre-operative (5), nursing home residents (5), transplant waiting list (3), pre-discharge (2), pre-delivery (1), and nursing home key worker (1). Can you imagine if the number of cycles was not known and the positive result is considered good and the corresponding measures are taken such as delaying a transplant?
- In most cases of people without symptoms, a positive PCR result does not mean that they are infected or that they are contagious. Incredibly, it is not protocolized, nor is information given on the number of amplification cycles; hard to believe but it is what it is. Around half of positive PCRs are «weak», and of these it is estimated that only 3% are infected.
-Mom, you leave me with my jaw drop. I don’t understand why they are doing PCR on everyone.
-Yes, there are two problems 1 / not giving results according to amplification cycles and 2 / doing PCR to everyone. The result is much more correct if you do the PCR only in those who have a medically founded suspicion of COVID. That is, if there is a high pretest probability (according to the Bayes theorem). For example, in the case of contacts, not all of them are infected in the same way, since the secondary attack rate ranges from 0.5% (among closely related people) to 50% (between workers and the elderly in nursing homes), so it would be necessary to select to those of 50% (or 10%, among cohabitants of the same family) whose pre-test probability is very high. We also know that contacts with the “index case” are more likely to be contagious just before and after symptoms start. Etc. It would be necessary to “discriminate and not do PCR haphazardly.
-You messed me up, mom. What’s this Bayes theorem?
-Nothing, darling, sorry. It is the statistics applied to the decrease of uncertainty in clinical decision making, but that is for another day. What matters to you is to know that a positive PCR only says that there is material of the new coronavirus in the sample, but it does not say if the whole virus is present, or if there is infection, or if there is a possibility of contagion. OK?
-Okay, mom. You are wonderfull. But where can that nucleic acid of the new coronavirus come from, or the entire virus?
-From any place, from contaminated surfaces, from droplets floating in the air, or even remains from having passed the disease, which has been cured (with or without symptoms).
-OK, okay And now, how do I explain it to Jorge, to my friends and especially to my doctor?
-Well, you pass this on to him, and if you have any doubt, read the bibliography. I tell you the same thing. If the doctor wants a summary, tell him that PCR without symptoms, such as «contacts», produces «overdiagnosis»; that is, the diagnosis is true (there is nucleic acid from the new SARS-CoV-2 coronavirus), but the prognosis is uncertain and / or health, depending on the number of amplification cycles. A positive PCR is positive, but it does not say anything about the prognosis if we do not know the number of amplification cycles; We do not know if there is a virus itself, or if there is infection, or if there is contagiousness. If you want, from another source, you can show him this graph, in which the number of cycles is related to the possibility of cultivating the virus from the samples.
-OK. You are always with your «sources».
-Yes, darling, I’m a bore. But read and re-read this and the bibliography, and you’ll tell me. Kisses. And a hug from your father, who is here next door, enjoying while he watches me many a headache to summarize everything.
-Kisses, mom. I’ll go see you next week … if I get a negative PCR!
-Girl, you have understood nothing! PCR often gives false negatives. They tell you the PCR test is negative but you actually have the virus. There are false negatives in up to 40% of the cases. But that is another story. Goodbye.
-Bye, mom, and thanks for everything.
Bibliography
– Are you infectious if you have a positive PCR test result for COVID-19?
https://www.cebm.net/covid-19/infectious-positive-pcr-test-result-covid-19/
-Could mass testing for Covid-19 do more harm than good?
https://www.spectator.co.uk/article/could-mass-testing-for-covid-19-do-more-harm-than-good-
-Interpreting a covid-19 test result (rapid response)
https://www.bmj.com/content/369/bmj.m1808/rr-22
-Coronavirus disease 2019 (COVID-19): Diagnosis.
https://www.uptodate.com/contents/coronavirus-disease-2019-covid-19-diagnosis
-Polymerase chain reaction
https://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction
Management of asymptomatic patient who, after clinical recovery from a COVID-19 picture (5 months ago) and negative RT-PCR on discharge from hospital, presents a new positive RT-PCR
http://www.murciasalud.es/preevid/23768
Coronavirus cases are mounting but deaths remain stable. Why?
https://www.spectator.co.uk/article/coronavirus-cases-are-mounting-but-deaths-remain-stable-why-
-It’s a mistake to think all positive Covid tests are the same.
https://www.spectator.co.uk/article/it-s-a-mistake-to-think-all-positive-covid-tests-mean-the-same
-Viral cultures for COVID-19 infectivity assessment. Systematic review.
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.08.04.20167932v3
-Clinical and immunological assessment of asymptomatic SARS-CoV-2 infections.
https://www.nature.com/articles/s41591-020-0965-6
-Coronavirus disease, COVID-19.
– Duration of SARS-CoV-2 Infectivity: When is it Safe to Discontinue Isolation?
https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa1249/5896916
– Correlation between 3790 qPCR positives samples and positive cell cultures including 1941 SARS-CoV-2 isolates
https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa1491/5912603
Pobre hija!
Es lo malo de tener unos padres sabios, que nunca te enteras de nada.
Si le da positiva, que se quede en casa y vaya notificando si aparecen síntomas.
Y nuevos chequeos para retirar aislamiento cuando de negativa.
Agradeceros siempre vuestros escritos, esclarecedores y reveladores. Me sirven de guía como persona, como madre y como médica de familia.
Me gustaría leer vuestro parecer sobre la especificidad y sensibilidad de la PCR, para explicarle a esta hija, que anda tan perdida ante tanta información «aterradora».
Un abrazo «rebelde» de esos que «no damos, que guardamos…»
Eva Romero López-Romero
Excelente explicación. Muy didáctica, clara y completa
Desde un punto de vista médico práctico tenemos una razonablemente buena herramienta para enfocar el diagnóstico clínico de los pacientes de cara a su manejo médico y ensayos terapéuticos, así como su posible organización epidemiológica enfocada a disminuir el contagio o, por lo menos, su velocidad de incremento. Esa herramienta es la PCR.
Lamentablemente no tenemos de momento una buena herramienta que detecte infección pasada, sobre todo en la mayoría de los casos de afectación clínica ausente, o leve o media. Los test serológicos no son fiables en modo alguno para esta finalidad, lo que impide el escenario ideal que pudiera clasificar a la población en sujetos ya inmunizados frente a sujetos vírgenes y por lo tanto de riesgo.
Asentado lo anterior ya con estudios serológicos de campo, efectuados en nuestro país a finales de abril, mayo, seguimos careciendo de respuestas a preguntas básicas epidemiológicas fundamentales, como son la verdadera tasa de mortalidad en poblaciones completamente expuestas, y el tanto por ciento de población ya afectada que permita estimar el comportamiento futuro de esa población en el tiempo, aspecto de la máxima importancia práctica tanto sanitaria como económica, pues no solo de covid muere el hombre, que también puede hacerlo de hambre o falta de atención médica de las otras miles de enfermedades que no son covid.
De momento solo podemos establecer conjeturas y estimaciones parciales, por las cuales, podemos estratificar nuestro país en comunidades de alta prevalencia y por tanto ya bajo riesgo, y de baja prevalencia y por lo tanto alto riesgo de expansión y progresión geométrica. En el horizonte, la buena impresión de que el virus está además perdiendo virulencia, como demuestra la bajada en cifras de letalidad (si no la real, por lo menos la relativa en cuanto a detectados/fallecidos) que se está observando en todos los países de Europa y en USA.
Como siempre, atinados en vuestras exposiciones.
Ahora bien, me extraña que no hagáis énfasis a lo largo del relato en la base argumental primera: ¿cuál es el estándar de oro de los PCR en relación al COVID-19? Pues, sin ese estándar de oro, todo lo demás son conjeturas y peligrosas, como lo estamos viendo, con políticos haciendo diagnósticos y previsiones basadas en PCR masivas y dictando alarmas sanitarias a discreción (no sé quién les está susurrando al oído esas perversidades… pero ya está bien).
A lo mejor no habéis querido liar más a vuestra hija… pero ya saliéndonos del recurso literario que habéis empleado en el escrito, y de cara a ser didácticos sobre el tema PCR, echo de menos ese comentario.
Siempre atento a vuestras lecciones, me despido hasta otra oportunidad.
Muchas gracias por ser referencia para muchos médicos de a pie, como yo lo soy.
Disculpe que me meta en medio, ante la falta de respuesta, pero es una pregunta importante.
Creo que podríamos considerar actualmente el gold estándar, o metro patrón, a la propia PCR.
Ante la situación de epidemia las cifras con muchos ceros aterran o impresionan a muchos y se está viendo desgraciadamente la respuesta emocional de matar al mensajero, cuestionando de forma vaga, imprecisa y abstracta la prueba misma en muchos foros de nuestro entorno.
Antes de la PCR como sabéis, era preciso cultivar el virus para determinar el agente, algo que es costoso, lento y engorroso en situaciones clínicas y, absolutamente imposible, en situaciones de epidemia.
Un saludo
PS
Cultivarlo o «verlo». Afortunadamente en la viruela era posible, desde Negri, observar el virus al microscopio en las vesículas de los variolosos
Perdóname (¿me permites el tuteo?, pero basar el estándar de oro en la misma prueba es un dislate. Es lo mismo que afirmar: lo digo yo porque lo digo yo. Acepto que ante una situación de urgencia, salgamos del paso como podamos… pero de eso a tomar (a estas alturas de la película, con la morbi-mortalidad en mínimos) el estándar de oro a la misma prueba… No es de recibo.
Y en tu mensaje tocas otro tema importante e interesante, respecto a los cultivos. ¿Por qué está habiendo tan pocos estudios de cultivos tras casos clínicos y «confirmados» por PCR?
Salud para ti y los tuyos.
Evidentemente no estaba basando el método de control en la misma prueba, sino que para propósitos clínicos, el método de control actual es la PCR. Esta, a su vez, en cada tipo de test y cada laboratorio se ha debido validar con la presencia del propio virus, pues sería este último dato el verdadero método de control o célebre gold estandar.
Dicho de otra manera, si no te fias de la PCR deberías mandar muestras al laboratorio de virología para cultivo y detección por otros métodos.
Supongo que a nivel de investigación y para propósitos científicos concretos si están haciendo estudios virológicos y secuenciaciones periódicas, ya que así se lee en los artículos. Otra cosa es el contexto clínico, en el cual nos desenvolmemos, en el que es viable sólo lo que es viable.
Un saludo
Pues en la práctica, eso es lo que está sucediendo: se está basando un diagnóstico de caso (no clínico) en una prueba en la que tenemos que creer (algo poco científico).
No se lee en ninguno de los estudios que dio la alarma de la aparición de un nuevo virus, que siguieran el procedimiento que, hasta la aparición del virus del SIDA, se tomaba como condición para nombrar a un virus como «recién llegado» a nuestra biblioteca.
Las microfotografías no muestran ningún virus aislado-purificado, sino unas imágenes que podrían ser otras cosas… Los mismos autores llegan a confesar, cuando se les preguntó sobre esta cuestión, que no lo hicieron.
Rápidamente se obtuvieron secuenciaciones de ese material y eso es lo que tenemos como gold estándar… que no lo es.
El quid de la cuestión creo que está ahí.
No dudo de que las secuenciaciones puedan corresponder a un nuevo coronavirus (sólo soy un médico de a pie), pero ¿no sería más fácil, para evitar interpretaciones incorrectas, que algún equipo siguiera los pasos ortodoxos de aislamiento, purificación y posterior secuenciación? Ya con un gold standard claro, no habría nada más que decir.
Salud para ti y los tuyos.
Disculpad la intromisión, pero he detactado algunas inexactitudes con respecto a la PCR en el artículo. Desconozco el grado de conocimiento que tienen los autores sobre la PCR (realmente qRT-PCR) y a cerca del Gold Standard. En las PCR a tiempo real se pueden realizar hasta 40 ciclos, no 26. Aunque se puede acortar el número de ciclos entre los 26-30 cuando se tiene claro que los CT (ciclos terminales: número de ciclos a partir de los que aparece señal) están por debajo de los 30 ciclos. Para realizar una RT-PCR para coronavirus es necesario incorporar un control positivo a partir del virus inactivado (el cual existe y se comercializa actualmente) y un control negativo para comprobar que no haya una amplificación inespecífica. Además de lo anterior, se establece un «threshold» o límite de señal, a partir del cual se establece si hay amplificación, a parte de una serie de calibraciones que tienen lugar para la optimización de la técnica, que entiendo que está calibrada para detectar la presencia del virus y no calibrada para determinar la carga viral (por motivo de coste intuyo). Como Gold Standard, se puede usar el estándar definido por el propio virus inactivado comercial. Y sí, es cierto, solo detecta ácido nucléico (ARN) del virus, pero se entiende que esta prueba se hace para saber si una persona está expuesta al virus en ese momento (es decir, es portador). Lo ideal sería confirmar esta técnica con otras (antígenos unos días después), pero a veces no es viable. Como todas las técnicas, tiene falsos positivos y falsos negativos. Pero en este momento, los falsos positivos o falsos negativos de la qRT-PCR son similares a los de otras pruebas diagnósticas para otras enfermedades de las que no dudamos ni un segundo. Creo que tenemos que er cautos con esas cosas, porque si no dudas de la prueba de la tuberculosis, de las pruebas del VIH o de las pruebas moleculares de determinados tipos de cáncer, ¿porqué dudamos de la qRT-PCR para SARS-CoV2?
Es que ahora mismo desde un punto de vista clínico con un paciente sintomático, el Gold estándar del diagnóstico es la PCR. No tenemos disponible ninguna otra prueba además y supongo que si pedimos aislamiento y cultivo al centro nacional de virología, nos van a decir que sigamos la PCR y que no está indicado.
Y desde un punto de vista epidemiologico, sea más o menos sintomático, ídem de lo mismo. El patrón de referencia es la PCR.
Hemos de tener cuidado a la hora de plantear las dudas científicas, que hay y muchas, para no fomentar la teoría conspiracionista que ha anidado en parte de la población y, lamentablemente, en algunos médicos que se prodigan por las redes. La enfermedad existe y mata a una fracción y eso no es dentro del sano juicio, cuestionable.
Aparte de eso, sabemos que tenemos un umbral de sensibilidad, y caben dudas de cuanto pueda llegar a ser la especificidad, lejos, por supuesto de fantásticos y teóricos resultados de positividades en papaya o aceite de motor, o aguas residuales de Barcelona.
No perdamos el norte. El enfoque clínico y epidemiologico con la PCR no es el mayor de nuestros problemas.
Un saludo
Gracias por las aportaciones.
El patrón oro es el cultivo de virus en las muestras que se someten a la PCR.
Usefulness of #PCR? Infectivity appears to decline after about a week of viral shedding around the cycle threshold value of 24.
#PCR There is likely to be a positive relationship between lower cycle count threshold, viral culturability and date of symptom onset. Measure with the gold standard: in this case viral culture.
¿Si PCR +, contagioso? NO. Depende del tiempo desde el contagio-síntomas, y del nº ciclos (24). Valorado con el patrón oro: el cultivo viral
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.08.04.20167932v2
Viral cultures for COVID-19 infectivity assessment. Systematic review
Tom Jefferson, Elizabeth Spencer, Jon Brassey, Carl Heneghan
medRxiv 2020.08.04.20167932; doi: https://doi.org/10.1101/2020.08.04.20167932
Alrededor del 50% de las PCR positivas son «débiles», y de ellas se estima que sólo el 3% están infectados
https://www.spectator.co.uk/article/it-s-a-mistake-to-think-all-positive-covid-tests-mean-the-same
https://www.cebm.net/covid-19/infectious-positive-pcr-test-result-covid-19/
En fin
Un saludo Mercedes Pérez-Fernández y Juan Gervas
Lo que comentas es lo que estoy intentando decir: que la PCR es el único modo con que se cuenta en estos momentos para «diagnosticar» SARS-COV-2. Pero, a diferencia de tu actitud, por más que sólo tengamos esa herramienta, no por eso se puede considerar al PCR como el gold standard de la PCR. Por ahí no se puede pasar. Y si eso no está bien anclado, a lo mejor tenemos razón los que planteamos esas dudas básicas.
No se puede negar la existencia de la enfermedad con las muertes que ha traído… Pero de ahí a creernos a pie juntillas todo lo que se nos está diciendo… va un trecho. ¿Ahora parece que sólo se pueden plantear dudas científicas dependiendo del tema que se trate?
Las preguntas o dudas que se están lanzando, en lugar de contemplarlas como un peligro, sería oportuno intentar contestarlas, en lugar de «matar al mensajero». Parece que te tomas a chirigota lo de Tanzania o de que se hayan detectado antes de tiempo muestras de SARS-COV-2, pero para mí es una muestra de por dónde van los tiros.
Para mí, está mostrando de forma evidente que las pruebas que están siendo utilizadas para «diagnosticar» dicho virus (que no dudo de su existencia pero que habrá que aislarlo y purificarlo convenientemente, ¿o esta vez no hace falta?), dichas pruebas no sirven para eso.
Por un lado, su valor predictivo positivo varía ampliamente (y no lo digo yo) según la prevalencia de la enfermedad en la población a la que se va a realizar la prueba. Dato a tener en cuenta, por lo que discrepo de las pruebas PCR de forma indiscriminada, por cualquier motivo en una población sin situación de epidemia clínica (ni por casos clínicos ni por ingresos hospitalarios ni por mortalidad). Actualmente, sólo se puede decir que hay una epidemia de PCR+.
Por otro lado, ¿con qué nivel de amplificación están realizando los «diagnósticos de SARS-COV-2» mediante PCR+? Pues el que se hagan «diagnósticos» con 35-40 amplificaciones, sin clínica, de primeras me parece un verdadero dislate médico. ¿Parece que hay un interés en que aparezcan rastros de ese genoma en las muestras de población sana? No le encuentro sentido.
Yo lanzaría un reto: realizar detección en personas asintomáticas de estafilococos, estreptococos, meningococos, hemófilus y lo que se nos ocurra en frotis faríngeos . Lo mismo serviría una búsqueda del helicobácter en nuestros estómagos… ¿Crees que es médicamente adecuado, sobre todo si después de la positivización de las detecciones, se fueran a emprender medidas coercitivas a la población? Crearíamos fácilmente epidemias en toda regla.
A ver qué ocurriría si en las temporadas de epidemia gripal se hiciera todo esto que se está haciendo ahora mismo respecto a la búsqueda del SARS-COV-2, de la misma forma. Se cerrarían los países. ¿Tiene sentido hacerlo? ¿Cada año? ¿Estamos locos?
Si, al final, hasta va a tener razón Trump (que no me gusta un pelo) de que la solución para que no haya tantos «casos» pasará por hacer menos pruebas… Yo añadiría a la frase, la necesidad de dejar de hacer tantas pruebas injustificadas.
Creo que te engañas al afirmar que este tipo de cuestiones clínicas y epidemiológicas no son el mayor de nuestros problemas. Pues, en mi modo de ver el cuadro en su conjunto, son la base fundamental de nuestros graves problemas. En mi modesto entender, la profesión médica está haciendo el avestruz, sin querer ver lo que realmente hay y, a la vez, matando a mensajeros que osan plantear dudas científicas con todo el derecho del mundo. ¿Dónde ha quedado el espíritu universitario? Lo que no se sabe o se tiene duda, se estudia hasta limar toda dificultad de comprensión.
Espero que no dudes de que todo el colectivo (todos) debemos estar por la labor de ayudar a que este mal sueño pase de largo con las menores bajas posibles, pero atreviéndonos a plantear lo que nos chirría en nuestras entendederas médicas. En cambio, en lugar de plantear debates abiertos, se ha instaurado una auténtica «caza de brujas» con el beneplácito de la mayoría de compañeros. Para mí es inaudito.
Salud para ti y los tuyos.
Quizas habria que preguntarse si tiene algo que ver en esta locura, el hecho de que de los 9000 millones a fondo perdido del Fondo Europeo de reconstruccion se repartan a las comunidades asi ;
35% Poblacion protegida equivalente, 30% segun ingresos UCI, 25% numero hospitalizados y 10% numero PCRs-
Los primeros 6000 millones con datos a 30 de Abril, los restantes 3000 millones a datos del 31 de Octubre ….. y asi nos hemos cargado la gallina de los huevos de oro haciendo una epidemia de PRC positivos poniendo al pais en la zona roja, cuantos mas PCRS + «mas infectados» …
http://isanidad.com/164446/moncloa-explica-criterios-reparto-ccaa-9000-millones-fondo-covid-19-gastos-sanitarios/
Imagino tos esta locura terminara el 31 de Octubre que ya no hay dinerito a repartir por PCR, UCI o hospitalizado
También admite otras lecturas.
Partiendo de la evidencia la enfermedad existe y genera morbimortalidad, que debe ser atendida por el sistema sanitario. No son los médicos los que salen a buscar enfermos, sino estos los que acuden, y lamentablemente a veces con escaso éxito, habida cuenta de las restricciones, inconcebibles, que se les ha puesto.
Supuesto ese dinero para atender los estragos de la Covid, (mientras se mantenga lo de gripe española, se debería poder nominarla como gripe china, que es más eufónico que Covid 19, pero bueno) ¿cómo debería repartirse?
Pues los que más enfermos tienen son los que más lo necesitan, y la gravedad viene marcada por número de admisiones hospitalarias y número de admisiones UCI. Hasta ahí, parece correcto.
Respecto a la gratificación por PCR parte de un concepto epidemiológico según el cual la única manera de rastrear portadores y establecer cuarentenas es detectando los portadores.
Pero en este último punto, estamos de acuerdo en que no parece haber una buena estrategia posterior al hecho PCR en sí, y ni siquiera en muchos casos esto es posible, sirviendo quizá solo como alarma poblacional.
El problema es que sin una buena planificación epidemiológica la PCR puede ser sólo un juguete.
Un saludo
El Gold estándar de la PCR no es la PCR, de la misma forma que uno no puede subir a la luna tirándose de los cabellos.
Repasando el texto en ningún momento he dicho eso, sino que a nivel clínico no disponemos de una prueba mejor.
Plantear dudas científicas forma parte de la profesión. Lo que lamentablemente se está haciendo en muchos foros es plantear dudas personales como base de una trama conspiranoica por la que un poder siniestro mundial está controlando a la población en base a unos test de detección que mienten, detectando mucho más de lo que hay.
No hay actualmente ninguna evidencia científica médica para concluir lo anterior.
A nivel de disposiciones gubernamentales epidemiológicas tomadas en cuanto a test y toma de decisiones me temo que ya no estamos hablando de ciencia ni de nada que se le parezca, pero este último aspecto no se deriva de ninguna carencia o maldad intrínseca de la PCR, sino de quien interpreta y dispone sin estar cualificado para ello.
Esto último es política. No Ciencia ni Medicina.
Un saludo
Agradezco el comentario de los anfitriones, y quiero aclarar que mi comentario que se ha colocado tras el de ellos, como se puede entender, iba dirigido a P. López Hervás.
Bueno, como parece que estamos hablando en lenguajes distintos, voy a dar por finalizada mi participación en este minidebate con esta respuesta a tu último comentario.
¿Dices que en ningún momento has afirmado que el gold standard de la PCR es la propia PCR? Pues tu frase «Es que ahora mismo desde un punto de vista clínico con un paciente sintomático, el Gold estándar del diagnóstico es la PCR.» para mí es clara. Lo dices literalmente.
¿Que lo digas porque no hay otra prueba diagnóstica disponible? Vale, pero sigue siendo una prueba que no ha alcanzado una evidencia necesaria para diagnosticar ningún cuadro clínico… en tanto en cuanto, además, se está utilizando negligentemente en casos asintomáticos de forma indiscriminada o en pacientes que acuden a hospitales por cualquier otro motivo, sin clínica Covid (cirugías, accidentes de tráfico…).
Para mí, repito, se está buscando con frenesí al portador asintomático, y claro que se van a encontrar… y van a nutrir el extenso grupo de «nuevos casos» de Covid-19 cuando no lo son ni por asomo. Pero pacientes, lo que se dice pacientes de Covid-19, morbimortalidad epidémica… no los hay. La situación, a Dios gracias, no tiene nada que ver con lo vivido en Marzo-Abril.
Que a todo este tipo de cosas (yéndote por la tangente del núcleo de lo planteado desde el inicio de este minidebate) quieras catalogarlas de política, conspiranoia y demás… es tu elección, no la mía. Sólo me he limitado a plantear dudas razonables de lo que estoy viendo no sólo en mi país sino a escala mundial. Y si los médicos seguimos actuando de la forma en la que lo estamos haciendo, como colectivo, siguiendo directrices irracionales de nuestras autoridades políticas y también de las sanitarias, estaremos enmerdándonos también en la política de la que te quieres zafar.
Por último, que conste que no he colocado ni maldad ni carencia en la PCR. Sólo he afirmado que no sirve para lo que se la está utilizando. Para martillear un clavo en una pared, no se me va a ocurrir utilizar un teléfono móvil… aunque pueda conseguir clavar el clavo. Sé que no es el mejor ejemplo del mundo pero es el primero que me ha venido a la mente y creo que se puede entender lo que quiero decir.
Hasta otra.
Salud para ti y los tuyos.
«… como base de una trama conspiranoica…»
Qué tendrá que ver el tocino con la velocidad.
Los argumentos serenos, razonados y documentados respecto a las limitaciones de la PCR, qué tendrá que ver con el tocino.
La intención de un médico de contrastar su opinión al respecto, expresada con toda prudencia y reservas, pero también con la necesaria actitud crítica en todo lo que pueda beneficiar o perjudicar a los pacientes, con la velocidad.
Parafraseando a Niemöller:
Primero vinieron a por los conspiranoicos, no dije nada, yo no era conspiranoico.
Luego vinieron a por los médicos naturistas y acupuntores, no dije nada, yo era cirujano.
Luego vinieron a por todos los médicos que no se sometiesen a los dictados de Su Deidad Omnisciente, la Evidencia Científica, yo tranquilo, seguía siendo cirujano.
Luego vinieron a por los «antivacunas», no dije nada. Aún con mis dudas respecto a algunas vacunas, yo no era tal cosa.
Después se llevaron a los negacionistas, me empezó a llamar la atención, pues yo mismo discrepaba respecto a algunos asuntos dados por hechos, a veces y por lo bajiri, claro, pero no a preocupar, así que tampoco dije nada.
Después se llevaron a los alarmistas, y ahí sí, reconozco que ahí sí me empezé a preocupar, porque alarmista era todo aquello que cuestionase la falsa tranquilidad derivada del pensamiento único. Preocuparme sí, pero decir, tampoco dije nada.
Finalmente, vinieron a por mí. No por lo que dije, que seguía sin decir nada, sino, precisamente, por no decir amén a todo.
Y, por supuesto, ya no quedaba nadie que dijera nada.
Y claro que se puede llegar a la luna tirándose de los cabellos. La Agencia Espacial le mete a uno en una nave con destino a la luna y uno se puede pegar todo el viaje tirándose de los cabellos todo lo que quiera.
Pues, salvando las distancias, lo mismo con la PCR.
(Se confirma la aparente dificultad de ubicar respuestas bajo el comentario correspondiente. La mía anterior era mi respuesta al del Sr. PLH, no al del Sr. SBG, bajo la cual aparece. ¿Una sugerencias para los administradores del blog?)
The RNA purification is the gold standard for the detection of SARS-CoV-2 in swab samples
https://doi.org/10.1080/22221751.2020.1775500
Quantitative real time PCR (RT-PCR) is widely used as the gold standard for clinical detection of SARS-CoV-2
https://doi.org/10.1080/22221751.2020.1775500
Un saludo
Hola. Como ves, no me he podido contener.
Estás en más de lo mismo, P. López Hervás. No hay una comprobación de que ha sido aislado el virus en cuestión. Digan lo que digan, pongas las referencias que pongas. ¿Dónde están las microfotografías con ese bicho aislado sin ningún resto celular?
Todo son referencias entre ellos… Desde los chinos que dieron la primera señal de alarma por nuevo virus hasta Le Charité, que propuso la base para los actuales PCRs, han confesado que no siguieron los procedimientos ortodoxos para el aislamiento-purificación y posterior secuenciación del bicho.
Doy por descontado que el bicho existe, que está ahí… pero para basar unas pruebas PCR y demás utillería de laboratorio en su existencia, al menos me gustaría que lo que toman como SARS-COV-2 sea realmente un bicho diferente a lo visto hasta ahora. Anoto aquí la coincidencia de que uno de los cebadores empleados por los PCR coincida con parte de nuestro genoma (cromosoma 8).
Como tú decías al principio, estás intentando ir a la luna tirándote de los pelos hacia arriba. Por más que se repita y se tome ampliamente que el gold standard es la propia PCR… pues va a ser que no.
¿Que es muy complicado aislar un retrovirus? Según afirman los especialistas, lo es. Vale, lo admito… pero que no digan que lo han aislado y purificado correctamente. A partir de ahí, viene todo este lío.
Lo mismo ha pasado con el VIH. Ni Montagnier ni el resto de colegas-competidores, lo aislaron… «Simplemente», identificaron transcriptasa, supusieron que había un retrovirus y enfocaron la observación sobre ello, montaron su secuencia… y «et voilà!!!»… De hecho, llevamos más de 40 años sin una vacuna eficaz para dicho virus…
Para finalizar te dejo un documento de los CDC norteamericanos (13 Julio 2020) sobre uso de las PCR en el que se dicen cosas interesantes para quien quiera leerlas.
https://www.fda.gov/media/134922/download
Página 39:
Since no quantified virus isolates of the 2019-nCoV are currently available, assays designed for detection of the 2019-nCoV RNA were tested with characterized stocks of in vitro transcribed full length RNA (N gene; GenBank accession: MN908947.2) of known titer (RNA copies/µL) spiked into a diluent consisting of a
suspension of human A549 cells and viral transport medium (VTM) to mimic clinical specimen.
Página 38:
* Detection of viral RNA may not indicate the presence of infectious virus or that 2019-nCoV is the causative agent for clinical symptoms.
* The performance of this test has not been established for monitoring treatment of 2019-nCoV infection.
* The performance of this test has not been established for screening of blood or blood products for the presence of 2019-nCoV.
* This test cannot rule out diseases caused by other bacterial or viral pathogens.
Salud para ti y los tuyos.
Pero entonces, según esas objeciones, ante un caso sintomático que se te presente, ¿cómo elaboras el diagnóstico?
Y en casos PCR positivos, ¿recomiendas algún tipo de aislamiento, o les dejas ir libremente por ahí?
Un saludo
Lo que te voy a decir, no tiene base en mi experiencia particular dado que no estoy ahora mismo en esa trinchera. Pero mi parecer ante el caso que me indicas de una persona sintomática de Covid-19 (no de cualquier otra cosa), con su neumonía, saturación pobre, hemograma inflamatorio-infeccioso… sí podría pasar por pedir una PCR.
Valoraría el umbral de amplificación de esa PCR, pues todo lo que sea niveles de amplificación mayores de 35 (o incluso algo menos) a mi parecer no tendrían mucho valor para apoyar el diagnóstico clínico.
Con lo que te quiero decir es que no me basaría en la PCR para diagnosticar el caso. Sería un factor más contribuyente al diagnóstico. Y, de forma reglada, fomentaría los cultivos para que, aunque fuera retrospectivamente, se tuviera información más válida de la presencia del bicho en cuestión.
Yo a un caso PCR+ sin clínica alguna y sin contacto directo aparente con casos sintomáticos, dependiendo del nivel de amplificación de la prueba, lo que tengo muy claro que no lo tendría en cuarentena 14 días. Le daría unos consejos para que, durante unos pocos días, restringiera contactos, mantuviera una separación de seguridad, higiene de manos, mascarilla en sitios cerrados… las medidas que yo considero normales para esta situación.
Salud para ti y los tuyos.
The RNA purification is the gold standard for the detection of SARS-CoV-2 in swab samples
https://doi.org/10.1080/22221751.2020.1775500
Quantitative real time PCR (RT-PCR) is widely used as the gold standard for clinical detection of SARS-CoV-2
https://doi.org/10.1080/22221751.2020.1775500
Un saludo
Esta duplicado, lo siento
Hola soy un ciudadano de a pie la única forma de parar esto es que vosotros los médicos le pongan fin, si no os ponéis de acuerdo y salís todos a decir realmente si esto es una pandemia y es necesario lo que están haciendo con la población a nivel mundial creo que por desgracia nos van a llevar al matadero,
Creo que al final venimos a parar en lo mismo. Como diagnóstico específico ante un cuadro neumónico vamos a tener que tragar por pasar por la PCR y ante un paciente, todo lo asintomático que se quiera, la prudencia exige cierta restricción.
Solo un detalle más, habitualmente no están dando la amplificación salvo que se pida expresamente. Una amplificación alta puede ser debida por error de la toma y no se correlaciona necesariamente con poca carga viral.
En caso de duda se puede pedir que amplifiquen también las células descamadas con la toma. Pocas células indica el error de la toma.
Pero habitualmente, en la clínica, no estamos teniendo esos problemas.
Un saludo
El Gold Standard es la prueba más pertinente (y mejor opción disponible y viable) para diagnosticar una enfermedad, y a día de hoy es la qRT-PCR. Lo más seguro es cultivar el virus y observarlo por un microscopio y secuenciarlo, pero eso no es muy viable. En primer lugar lleva un tiempo que puede significar la vida o la muerte para los pacientes más graves, en el segundo, no es que haya en España muchos laboratorios de bioseguridad de nivel III o de nivel IV para andar cultivando virus por ahí. En pacientes sintómaticos también puede usarse un test de antígenos, además de una TC en pacientes con neumonía bilateral. El diagnóstico clínico a partir de los síntomas únicamente no parece ser algo muy lógico. Además, la muestra se toma con un hisopo estéril de la nasofaringe y se almacena en un recipiente estéril, la prueba también se realiza en un ambiente de esterilidad (sala blanca) con lo cual el riesgo de que el ácido nucleico que encuentres en una muestra de un paciente esté contaminado es muy pequeño, y eso se puede saber a partir de la curva de melting y comprobar repitiéndo la prueba. Las escasas veces en las que eso sucede, se le notifica al paciente, tal como ocurriría con cualquier otra prueba.
Perdona, RJAlfonso, pero si ya inicias tu comentario con una falsedad, mal vamos. Nunca un «algo» va a ser el gold estándar de ese algo. Eso es algo como decir que estoy en posesión de la verdad… porque sí, porque lo digo yo. Pues va a ser que no.
Otra cosa es que realizar el cultivo de un virus no sea tan cómodo como realizar una PCR. Hasta ahí, estoy de acuerdo. Pero en la elaboración de esa prueba, pasando por alto (que ya es mucho pasar por alto) la falta de especificidad de los cebadores, primers…, el diagnóstico realizado posteriormente va a depender de forma directa de la amplificación realizada.
Un Ct de 32 corresponde a 10-15 copias de virus/μl. Un Ct de 35 corresponde a aproximadamente 1 copia/µl. Por encima de Ct 35, resulta imposible aislar una secuencia completa del virus y cultivarla.
Con 1 copia/μl de muestra (Ct 35), sin tos, sin síntomas, una prueba de RT-PCR positiva no significa nada, ¡Nada en absoluto en términos de medicina y clínica! Ahora vete a mirar lo que está sucediendo en los cribajes sin sentido que se están realizando en la población sana, y las consecuencias de todo tipo generadas por ese aumento ficticio en el nº de «casos nuevos».
Repito, por si no está claro: por encima de alrededor de 35 ciclos de amplificación, la posibilidad de obtener un cultivo viral, o sea, de demostrar que hay virus, o sea la capacidad de contagiar a nadie por ese virus… es nula.
En el siguiente artículo, por ponerte uno, verás gráficamente al contemplar la figura 1, lo que estoy expresando.
https://link.springer.com/article/10.1007/s10096-020-03913-9
¿Me quieres decir qué amplificaciones se están utilizando actualmente en España y otros países para determinar la presencia de esos paquetitos de código genético, que el virus entero con capacidad infectiva, contagiable, sabiendo la trascendencia que está teniendo en las medidas político-sanitarias que se están tomando? ¿Por qué habitualmente no consta la amplificación realizada?
¿Para qué realizar amplificaciones de 37-40… y más? Si el miedo es que se pase de diagnosticar algún caso… la solución es muy fácil: repite la prueba al cabo de dos o tres días con la persona aislada.
En fin, que para el que quiera entender el razonamiento, creo que es suficiente con lo escrito.
Volvamos a la clínica y dejémonos de darle una importancia desaforada a una prueba de laboratorio, no el gold estándar de la presencia del SARS-CoV-2, que se está utilizando políticamente para diagnosticar «casos nuevos» fantasma.
Salud para ti y los tuyos.
Perdona pero al releer el comentario ya publicado, me he dado cuenta de que en un párrafo he descuadrado el sentido del mismo al haberme comido una palabra («no»). La rectificación es la siguiente:
¿Me quieres decir qué amplificaciones se están utilizando actualmente en España y otros países para determinar la presencia de esos paquetitos de código genético, que no el virus entero con capacidad infectiva, contagiable, sabiendo la trascendencia que está teniendo en las medidas político-sanitarias que se están tomando? ¿Por qué habitualmente no consta la amplificación realizada?
“Mamá, me van a hacer una PCR, (…)”.
La que estamos liando, a partir de la inocente pregunta…
¿Más dudas sobre el corona?
(Afectuosamente).
La medicina es tomar decisiones en base a trozos de incertidumbre y trozos de certidumbre, y esto se magnifica cuando se trata de una nueva patología o un nuevo patógeno, pero si nos vamos a fijar solo en la incertidumbre entonces nunca tomaremos decisiones.
Tras leer la escenificación utilizada por los autores para intentar hacer más accesibles ciertos datos, me pregunto entre otras cosas qué puntos de corte en los ciclos son «aceptables» como para decidir que una qRT-PCR para detectar ARN es de utilidad o no, siempre combinando esta información con el resto de factores como ocurre con prácticamente todo en la clínica (sintomatología, exposición, comorbilidades, condicionantes de riesgo, contexto, otras pruebas, evolución y cronología, epidemiología local, situación sanitaria, etc.). Por ejemplo, el «caso» presentado da información sobre probabilidades, pero no nos indica qué decidir, así que volvemos al punto de partida: la información disponible no es fiable al 100%, pero hay que tomar una decisión, y aunque lo deseable es alejarse de la variabilidad clínica, ¿primará el criterio individual basado en la experiencia (mi consulta es mía), la interpretación subjetiva, el «olfato», y lo que más me temo, la disposición a asumir ciertos riesgos ajenos cuyas consecuencias irán más allá de la persona a la que damos las recomendaciones que mejor nos parezcan (suele pasar con las enfermedades infecciosas), ignorando el impacto sobre la salud poblacional y del entorno, aunque no sea a posta?
No estoy segura que personas tan admiradas como el Dr. Gervás midan los efectos colaterales de artículos como este, o quizás sí. No siempre el mensaje llega al destinatario como quisiéramos que llegue, aunque quizás comentarios como «morbimortalidad epidémica… no los (la) hay.» no sea consecuencia de solo de leer esta entrada, pero esa sería sin duda otra historia.
Estimada Rosa.
Creo que sí hay algo que se puede hacer, con total facilidad, que nos llevaría a una mayor certeza y salir así de la incertidumbre a la que apuntas en tu comentario: que los laboratorios que aportan las PCR, como norma, limiten a 35 el corte de ampliaciones (Ct). Con esta medida, al acortar la hipersensibilidad de la prueba, ya apearíamos del saco a un montón de grandes dimensiones de actuales «casos nuevos». Pero todavía continuaría la incertidumbre con los PCRs positivos.
A partir de ahí, nos adentramos en el arte de la Medicina: a partir de la clínica, poder diagnosticar sirviéndonos de pruebas complementarias, pero de una manera racional.
Salud para ti y los tuyos.